Goemon y Ebisimaru son encarcelados por unos crímenes que no han cometido. Tras ser liberados por Yae, descubren que unos farsantes se están haciendo pasar por ellos, ensuciándoles su nombre. Deberás detener a estos impostores y salvar a Edo del desastre.
El juego es un RPG en el que el jugador podrá controlar a Goemon, Ebisimaru y Yae, cada uno con sus distintas habilidades.
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