Certain Affinity fue creada en el año 2006 en Texas, Estados Unidos, por el ex-empleado de Bungie, Max Hoberman, aunque también se unieron otros de Microsoft, Red Storm, Origin, Electronic ARts, Digital Anvil y NCSoft.
Su primer trabajo fue crear dos niveles para el multiplayer de Halo 2. Estos mapas, llamados Tombstone y Desolation, fueron los últimos que aparecieron para este juego y que de hecho son remakes de mapas del Halo original, llamados 'Em High y Derelict.
El primer juego que publicó la compañía fue Age of Booty, un juego de estrategia en tiempo real distribuido digitalmente en las plataformas Steam, Xbox Live Arcade y PlayStation Network por la compañía Capcom.
Certain Affinity has also been working on another project since November 2006, which is an unannounced original IP game in the action/RPG genre.[3] The title of this game, the platform it will be for, and when it will be released have not yet been announced. However, Certain Affinity has said in a recent interview that it has "spoken with most of the major publishers and there’s serious interest, so our goal is to continue self-funding the company until we’re ready to sign a publishing deal and move everyone full time onto this project."
Después la compañía ha ayudado en el desarrollo de mapas para algunos Call of Duty, así como algunos ports.
