Un grupo de desarrolladores del grupo "Nintendo Research & Development 1" se marcharon de la compañía nipona para fundar la suya propia, a la que llamaron Intelligent Systems.
Desde sus inicios han colaborado estrechamente con Nintendo, concretamente con Gunpei Yokoi, director del NR&D1. En su historia han creado diversas franquicias, como Paper Mario o Metroid, además de colaborar diseñando hardware como el Super Game Boy o el Game Boy Player. Actualmente la compañía es parte de Nintendo.
