Metroid: Zero Mission es un remake del juego original Metroid para NES. Además de mostrar unos gráficos adaptados a la potencia de GBA, da más detalle del argumento sucedido en esta entrega de Metroid.
El sistema de juego es parecido a los demás de la saga. Un mundo abierto que Samus debe explorar y conseguir nuevas habilidades para acceder a nuevas zonas y poder derrotar a los enemigos.
Los piratas espaciales han conseguido muestras de Metroides para replicarlas y utilizarlas como armas. Samus es enviada al planeta Zebes, base de los piratas, para destruir a Mother Brain, que controla las defensas del planeta, y así permitir a la federación atacar la fortaleza de los piratas.
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